Resta por su costado norte una parte del magnífico claustro de orden corintio que tuvo su convento. El interior tiene planta de cruz latina, y está decorado en orden neoclásico.

En sus inicios el Templo San Juan de Dios, esta iglesia originalmente fue una capilla

Modesta dedicada a la Santa Cruz, que estaba en el lado norte del Rio San Juan de Dios, actualmente soterrado.

En esta capilla se acogieron los miembros de la cofradía de la Veracruz y sangre de Cristo.

Fundada por el Obispo Don Pedro Gómez Maraver el 15 de abril de 1551.

Los cofrades además de los ejercicios espirituales se ocupaban también asistiendo a los enfermos pobres que lo necesitaban y así nació el primer hospital de Guadalajara en 1557.

El 11 de junio de 1606, recién llegados a tierras de la Nueva España religiosos pertenecientes a la orden de San Juan de Dios fueron trasladados a Guadalajara para hacerse cargo del insipiente hospital de esa época.

Los religiosos de San Juan de Dios ampliaron el edificio hospitalario y le dieron por nombre el del Santo Bajo cuya advocación militaban San Juan de Dios.

La primera piedra se colocó el 3 de marzo de 1726 siendo sacerdote Fray Miguel de los Ríos, la obra se declaró terminada hasta 1750.

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